A budapesti Szent János Kórház évtizedek óta részt vesz a Semmelweis Orvostudományi Egyetem, majd utódja a Semmelweis Egyetem orvosképzésében. A Kórház oktatói munkájának elismerése volt, hogy 2015. novemberben a Semmelweis Egyetem Általános Orvostudományi Kara eredményes pályázatot követően hat osztálynak a “Oktató Osztály” címet adományozott. Ezek az I. Belgyógyászati és Gasztroenterológiai Osztály, a II. Belgyógyászati és Diabetológiai Osztály, a Neurológiai Osztály – Stroke Centrum, az Ortopédia – Traumatológiai Osztály, a Pszichiátriai Osztály és a Traumatológiai és Kézsebészeti Osztály voltak. 2016. júniusban újabb sikeres pályázat révén a “Semmelweis Egyetem Általános Orvostudományi Kar Gyakorló Osztálya” címet ítélte meg az I. Belgyógyászati és Gasztroenterológiai Osztály, a II. Belgyógyászati és Diabetológiai Osztály, a III. Belgyógyászati Osztály, a Neurológiai Osztály – Stroke Centrum, a Pszichiátriai Osztály és a Szülészeti-Nőgyógyászati Osztály számára.